Đối với nhiều người,hàng triệu vi khuẩn trong miệng (đặc biệt là lưng lưỡi) là nguyên nhân khởi đầu của hôi miệng vì điều kiện ẩm ướt và ấm áp của miệng là môi trường lý tưởng cho những vi khuẩn này phát triển. Phần lớn hôi miệng là do nguyên nhân trong miệng.

Một số dạng hôi miệng, chẳng hạn như “ hôi miệng buổi sáng” được xem là khá bình thường và thường không có vấn đề về sức khỏe do lưu lượng nước bọt giảm khi ngủ nên thức ăn phân rã và các chất gây mùi không được rửa trôi như ban ngày, miệng trở nên khô và các tế bào chết bám vào lưỡi và bên trong má. Vi khuẩn ăn các tế bào này và phóng thích các hợp chất có mùi hôi.